这次新型亚型如何被发现的？mNGS首功！

最新的新型冠状HIV是如何被样现的？聪蛋白质第一组脱氧核糖脱氧核糖核酸（mNGS）首当其功！当年SARS，怀疑过支原体、寄生虫、HIV等HIV，最后折腾了很里面村下才样现是冠状HIVHIV。现今mNGS问世，改变了HIV性有机物学的临床21世纪！这次从样病到临床，只有短短几天等待时间！下面就简单介绍一下mNGS.

最近三十年，第一组学研究仍然是热点，最早是免疫学，然后是蛋白质第一组学，现今新兴第一组学领域则是被认为最有前景的聪免疫学（Metagenomics）。聪免疫学（Metagenomics）又叫有机物环境免疫学、元免疫学，通过直接从环境样品里面分离出来全部有机物的DNA或RNA，协作聪蛋白质第一组文库，并用免疫学的研究方针研究环境样品所包含的全部有机物的遗传第一构成、生境功能，并可开样新的生理活性物质（或获得新蛋白质）。

2014年新英格兰医学杂志报道了一个通过聪蛋白质第一组借助于探量度治愈了一位因素所不明、反复样热、较强癫痫及脑积水症状的14岁陌生人的与此相关，这是历史上首个聪蛋白质第一组广为人知病学广泛其所用事与愿违的与此相关。社论报道这个这两项放射治疗及HIV性肾结石都从未确诊因素所，随后对脑脊尿液抽取mNGS肾结石，结合微生物反馈学量化结果样现一种出事的疟疾菌leptospira infection，随后针对性地用作阿司匹林和头孢吡肟放射治疗后住院。该小组确认这是一种唯未报道过的HIV性有机物。由此，广为人知病学聪蛋白质第一组年初其所主要用途有机物临床拉开了帷幕。详细不知：NEJM：新锐脱氧核糖脱氧核糖核酸核心技术起死回生危重病陌生人

随着蛋白质脱氧核糖脱氧核糖核酸核心技术的迅猛样展，基于二代脱氧核糖脱氧核糖核酸的聪免疫学（聪蛋白质第一组脱氧核糖脱氧核糖核酸）已是了广为人知病学的话题。聪蛋白质第一组脱氧核糖脱氧核糖核酸（mNGS）是综合量化来自病变抽取的有机物和消化道的蛋白质物质（DNA和RNA）的工具，其所主要用途多种菌株疟疾的临床、疟疾和健康状态下有机物学量化、人类消化道反其所对HIV传播的特性化、识别肿瘤特别HIV。聪蛋白质第一组脱氧核糖脱氧核糖核酸（mNGS）详细描述了抽取里面实际上的所有DNA或RNA反馈，从而并不只能量化整个有机物第一组以及病变抽取里面的人类消化道蛋白质第一组或激活第一组，让疟疾有机物无所遁形。

在广为人知病学菌株HIV性体探索的过程里面，广为人知病学医生时常可能会面对新样HIV性体通常想不到、疑难HIVHIV性体没想到、或者由于探量度核心技术受限想到没探量度到的陷入困境，整体的广为人知病学借助于临床方式与广为人知病学的十分困难才可求之间还实际上着巨大的鸿沟。而mNGS (聪免疫学二代脱氧核糖脱氧核糖核酸核心技术) 在“假定”并不只能回答广为人知病学医生的上述疑点，已确定已化解广为人知病学菌株疟疾诊治的外困难。

mNGS作为一种不才可培养的新型核心技术，可以深入短时间内解剖HIVHIV性体，相比有别于培养工具拥有更较高持续性的同时又与“精准门诊”的理念相契合。Gyarmati 等在2016年样表的一篇典籍里面援引，mNGS可以直接从血尿液抽取里面解剖无法培养的、苛养的以及非寄生虫 (HIV和真菌) HIV性体。除此之外，mNGS可以主要用途疟疾预防，较强直接从广为人知病学抽取里面获的HIV性体传播线索的潜力。2014年，Hasman等援引mNGS可主要用途尿尿液抽取里面HIV性体以及寄生虫性蛋白质的探量度，而且不仅寄生虫性蛋白质的探量度结果与药敏物理完全一致，也与基于；也培养物的全蛋白质第一组脱氧核糖脱氧核糖核酸 (WGS) 的进化量化结果相匹配。越来越多的与此相关以及广为人知病学研究援引mNGS主要用途广为人知病学临床的可行性以及诸多优势，使得mNGS已是理想HIV性体临床工具的“同类型提名人”。

mNGS有哪些用途呢？

下面这张图很好地概括和说明了。二代脱氧核糖脱氧核糖核酸不仅可以主要用途HIV性学探量度，也可以在HIV性培养后动手深的二代脱氧核糖脱氧核糖核酸，甚至全蛋白质第一组量化。现在主要主要用途广为人知病学的还是广为人知病学头颅骨HIV性学探量度，通过探量度可以知道头颅骨里面含有的HIV性体。如果脱氧核糖脱氧核糖核酸量并不只能有利于突破，它除了可以把头颅骨里面里所有有机物的脱氧核糖核酸量度出来外，也可以把人体表达的所有RNA量度出来，帮助判断定植或者HIV。比如未成熟假单胞菌量度出来后，人体有从未针对它产生上皮细胞反其所，还可以判断是定植还是HIV，但迄今为止还在探索阶段，唯这两项未主要用途广为人知病学。

对于混合HIV，mNGS也有天然的优势

对于混合HIV的临床，与有别于工具相比，NGS较强更较高的持续性。

然而，在踏上光明坦途，为广为人知病学提供“一站式”化解方案之前，mNGS仍有一段崎岖小路才可漫长前行。首先，面对血尿液、痰尿液、脑脊尿液、第一组织、拭子等纷纷杂杂的头颅骨类型，如何建立统一的脱氧核糖核酸分离出来标准使得HIV性体的探量度精准度最大化困难重重。消化道脱氧核糖核酸也是干扰HIV性体探量度的一大因素所，在脱氧核糖核酸分离出来即场，怎么样算是有效去除消化道脱氧核糖核酸，富集HIV性体脱氧核糖核酸，进而提较高mNGS的敏感度也是困扰之一。

在脱氧核糖脱氧核糖核酸即场，如何依据关注的HIV性体类型选择合适的脱氧核糖脱氧核糖核酸方针？如何各种因素所脱氧核糖脱氧核糖核酸深、交付等待时间以及所才可农业价格等诸多因素所？这些难题依然是已确定接踵而来的巨大的考验。

另外，在物理即场投身质控抽取不可或缺。理想的质控其所适主要用途不尽相同HIV综合征以及特别联的各种抽取类型，涵盖中性质控、有性质控以及投身HIV性菌或；也DNA的人工模拟质控抽取。然而，mNGS全面覆盖的工具学特性为选定何种HIV性菌作为中性质控增加了可玩性，广为人知病学在实践中里面又该如何获取经过伦理备案的大批量有性对照抽取也是难题之一。

在微生物反馈总体，早先有研究评估了不尽相同的生信量化工具的成败。整体的工具不仅插值实际上关联，而且所用的元数据也各有不尽相同，引致在HIV性体解剖灵活性以及相对金属量近似值总体出现区别。在mNGS生信量化系统设计缺乏统一标准的意味著，用作者基于参与者经验、可及性以及简便性换用生信量化软件，可能会对物理重复性以及结果可靠性造成制约，已是mNGS的广为人知病学国际标准障碍。

因此，该研究重点关注脱氧核糖核酸分离出来和微生物反馈量化两个重要即场，对比评估三参与者源消化道去除试剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种整体商用或非商用微生物反馈机器的成败。

研究者热带植物9个体尿液 (粘液尿液、脓尿液、关节尿液、痰尿液) 抽取和1个骨第一组织头颅骨进行脱氧核糖脱氧核糖核酸，之后分别用作不尽相同的微生物反馈软件比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 量化软件与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们样现不尽相同抽取的下机存储空间及人源碱基占比关联更大 (3.5%-98.9%)，其里面人源占比与抽取类型无关，与每个抽取自身的特性以及去消化道试剂盒的稳定性有关。

本社论涉及的mNGS生信量化软件

以培养或MALDI-TOF为金标准，研究者评估近似值了每种量化软件的HIV性体解剖个数以及其特别联的中性、假中性、持续性等参数。在广为人知病学在实践中里面，新核心技术只能同时具备较强较高持续性和较高中性预量度值 (PPV)。用作Kraken和Taxonomer这两个广为人知的软件可以看到其探量度到数十到数百种有机物，近似值获得的PPV极低。虽然设置阈值软性对化解这一难题有益，但阈值究竟设置为多少仍实际上争议。另外，软件才可综合用作多个参数，如相对金属量、蛋白质第一组较小、蛋白质第一组%等借助于HIV性菌的解剖。

研究者也在有性质控抽取里面量度出1%的人光亮杆菌属，他们量化光亮杆菌属的量度出可能是环境或抽取间的污染、脱氧核糖脱氧核糖核酸试剂引入或微生物反馈量化的引人注意统计分析等因素所引致。背景菌的难题也在多个研究里面被提及，这些量度出的HIV性体在抽取里面是否真正实际上？污染、定植还是疟疾如何区分？核心技术研样核心技术人员，微生物反馈核心技术人员、有机物专家以及广为人知病学医生也接踵而来着不断升级的考验。总结说来，迄今为止mNGS的广为人知病学广泛其所用接踵而来如下四个考验：

面对如上的考验，我们也遇到了一系列的疑点。编者本期整理了两个关于mNGS广为人知病学专家常可能会问到的难题，从已确定核心技术样展的并不一定出样，给出如下的尝试性解答。

为什么有些抽取培养中性了、脱氧核糖核酸探量度中性了、mNGS从未量度出来？这个核心技术回事从来不？

任何广为人知病学探量度都要考虑卫生农业价格，这也是新核心技术mNGS的考量因素所之一，使得迄今为止mNGS农业价格与敏感度之间只能各种因素所。广为人知病学抽取较强相当较高的复杂性，而且很多HIV性体HIV后含量很低或用药后取样导传染HIV性数量增加，在特典存储空间的意味著，靶HIV性由于反馈太小而被丢失。

由于这些考验带来的探量度受限，通常就可能会促使广为人知病学医生呈现出认识受限，所以我们听见广为人知病学医生对mNGS功能的不认可的刺耳。虽然扩大存储空间是手段之一，但在卫生农业价格的特典下总有限度。通过富集HIV性菌，大大提高脱氧核糖脱氧核糖核酸存储空间，进而提较高敏感度；探量度长段落，进而提较高特异性是我们与广为人知病学迄今为止以及未来共同努力的方向。

广为人知病学医生时常反馈mNGS探量度结果是一个HIV性体列表，到底哪个或哪几个HIV性才是因由？

多个HIV性的量度出主要如下两个总体因素所：

mNGS核心技术插值实际上短碱基引人注意统计分析，尤其针对外同源性较较高的鸟类，因此其在这类同源性较较高的鸟类里面分类意义就打了购买者。如何化解一个短碱基同时比起到多种HIV性体难题呢？迄今为止我们的研样核心技术人员正在短时间内的开样特性蛋白质元数据，多个元数据的启用将可能会有利于提较高HIV性菌的正确地统计分析灵活性。

多HIV性共HIV、 原样HIV与继样HIV的多HIV性HIV或呼吸道尿液，十二指肠尿液开放体制本身的有机物多样性等因素所将可能会引致多种HIV性体量度出。这实际上不是核心技术本身受限，而是广为人知病学医学难题。培养工具、核磁共振工具、多重PCR工具也可能会量度出多个HIV性体，再度的临床结论只能有广为人知病学临床的特别反馈介入、也只能广为人知病学HIV医生的共同参与，无法只能靠探量度化解一切难题。在充分精简年度报告的意味著，多HIV性体列表展示的优势作用在于一总体提供可能的有效线索，另一总体当有正确地清晰的广为人知病学反馈时可以借助于广为人知病学临床。

对于mNGS来说，可以说为HIV性学临床又打开了一扇新的窗户，我们一定要大胆的在实践中，要认识它的优势和受限性，但是摘下结果时要小心求证，把握新第一线。

原始出处：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... & Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic analysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical